はい。
「.htaccess」に記載をすることでアクセスを限定できます。

方法はいくつかありますが、参考としてRewriteRuleを以下で書き換えれば「wwwなし（または wwwあり）」で、アクセスできないようにできます。

「wwwあり」でのみアクセス可能に

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\. [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

SSL利用時は、3行目を「https://」に変更してください。

「wwwなし」でのみアクセス可能に

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*) [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%1%{REQUEST_URI} [R=301,L]

SSL利用時は、3行目を「https://」に変更してください。