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PCのHDの１つのフォルダに４０くらいの下部フォルダがあります。

下部フォルダの内臓ファイル数を時々ふやすのですが、

時々溜まった場合に外付のポータブルHDに単純にバックアップしたのでは重複したファイルが発生してしまいます。

便利な方法はないでしょうか？

説明が下手で申し訳ありません。