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紫苑さん、ちょっと状況がわからないので質問させてください。

>CGIを設置するに当たって、色々設定して、大丈夫、と思い、FFFTPで転送してみようとしたのですが、ちゃんと指示には従っているのにHPと同じところに設置されてHPのファイルが消されそうになります。

「指示に従って」とあるのはその CGI の説明でしょうか？
できればその CGI のあるサイト(できれば URL が知りたいな）と
スクリプト名を教えてください。

HP と同じところに設置されてしまう、とはどういうことでしょうか？

以上がわかれば解決できるかもしてません。