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ええとですね。読んでてやはりわからない部分があるのですが、
勘で答えることにします。

まず、紫苑さん、「フォルダー」とか「ディレクトリ」とか「パス」とか
ちゃんと理解されてますか？
（責めているのではなく説明の都合上による質問です。)
ほかにわからない単語があったら、質問してください。

FFFTP を起動して右部分（シナプスのサーバー）のパスが
最初は public_html/ で終わっていると思います。
そこで、FFFTP 画面右側の「名前」で始まっている部分の下の
四角形（以下右ウィンドウと呼ぶ）のなかの適当な部分を右クリックします。
すると「フォルダの作成」というのがあるのでそれを左クリックします。
すると横長の小さなウィンドウが表示されるので、そこで ziten と入力して　OK ボタンを押してください。
すると右ウィンドウの中に ziten というのフォルダアイコンが表示されるので
そこに jcode.pl ziten.cgi ziten.dat の三つのファイルを転送してください。
（index.html は転送する必要はありません。）
そしてそれぞれのファイルの属性を index.html の説明のとおりに設定してください。
（やり方はそれぞれのファイルを右クリックして「属性変更」を選択し、
「現在の属性」欄を書き換えるだけです。）

そして http://cgi??.synapse.ne.jp/~???/ziten/ziten.cgi
(?? 等は自分の環境に合わせて書いてください。)
をブラウザの入力欄に書いて ENTER キーを押してください。

なお、これはあくまでも設定の一例です。
フォルダ名は ziten でなくてもいいし、フォルダはもっと深くても浅くてもかまいません。
設定を変えたなら古いファイルは上書きして消してもいいし、
フォルダごと消したりしてもいいのです。