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PCのHDの１つのフォルダに４０くらいの下部フォルダがあります。

下部フォルダの内臓ファイル数を時々ふやすのですが、

時々溜まった場合に外付のポータブルHDに単純にバックアップしたのでは重複したファイルが発生してしまいます。

便利な方法はないでしょうか？

説明が下手で申し訳ありません。

ファイル名が　同じなら単純に上書きすれば良いのでは?
ファイル名を替えれば　同じデータが重複しますよね
意味が違ったかな?

私は『Realsync』と言うフリーソフトを使用させてもらっています。
ミラーリングなので、フォルダを移動させたりしてもOKな優れものです。

Realsyncで検索すれば、すぐにわかると思います。

▼ちょろさん：
>私は『Realsync』と言うフリーソフトを使用させてもらっています。
>ミラーリングなので、フォルダを移動させたりしてもOKな優れものです。

単純な質問ですが、ミラーリングとはなんでしょうか？

　詳しい説明は、ミラーリング　Wiki

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%9F%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0

に書かれてある１の方です。

聖闘士さんが、以下の状況である場合。

Drive C:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|　　 |
　　　　　　　　|　　 |-File A
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B

この状況で、My Documentsを外部ドライブ（Drive F:）にコピーする。
すると、

Drive F:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|　　 |
　　　　　　　　|　　 |-File A
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B

が出来上がります。

この状況から三通りのパターン。

---------------------------------------------------------------
１、ドライブCのFile AをFolder Bに移動し、

Drive C:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B
　　　　　　　　　　　|
　　　　　　　　　　　|-File A

この状況で、再度Drive Fへと上書きコピーを行った場合

Drive F:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|　　 |
　　　　　　　　|　　 |-File A
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B
　　　　　　　　　　　|
　　　　　　　　　　　|-File A

というように、File Aが二つになる。

---------------------------------------------------------------
２、File Aの名前をFile Bに変更し、
Drive C:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|　　 |
　　　　　　　　|　　 |-File B
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B

再度Drive Fへと上書きコピーを行った場合
Drive F:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|　　 |
　　　　　　　　|　　 |-File A
　　　　　　　　|　　 |-File B
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B

となる。

---------------------------------------------------------------
３、Folder Aの下に、更にフォルダーCを作成しその中にファイルを移動させ、
Drive C:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|　　 |
　　　　　　　　|　　 |-Folder C
　　　　　　　　|　　　　　 |
　　　　　　　　|　　　　　 |
　　　　　　　　|　　　　　 |-File A
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B

再度Drive Fへと上書きコピーを行った場合
Drive F:
　　　|
　　　|-My Documents
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder A
　　　　　　　　|　　 |
　　　　　　　　|　　 |-File A
　　　　　　　　|　 　|
　　　　　　　　|　　 |-Folder C
　　　　　　　　|　　　　　 |
　　　　　　　　|　　　　　 |-File A
　　　　　　　　|
　　　　　　　　|-Folder B

こういった状況で、ファイルが増えている場合だと仮定したときのお話で、ミラーリングが有効かと思ったのですが、簡単に言えば全く同じ環境を作ってくれると言う事です。

移動されて存在しないファイルは削除を行い、移動された先にコピーを行う。
名前が変更されているファイルは、削除を行い新しいファイル名でコピーを行う。

本来は、データーの重要性が高いサーバーなどでRAIDを組んで自動的に行うのですが、ハード的な問題やデータの重要性が特に気を付ける必要性がない場合、定期的に外部メディア等とのミラーリングが有効的と思われます。

その場合、紹介したソフトによるミラーが有効かなと思いました。
勘違いでしたらスイマセンでした。